Dzięki połączonym siłom naukowców z amerykańskich placówek badawczych takich jak British Columbia Centre for Excellence in HIV/AIDS, Massachusetts General Hospital (MGH), Microsoft Research i Los Alamos National Laboratory przy zastosowaniu metod bioinformatycznych udało się zbadać, w jaki sposób wirus HIV mutuje i w ten sposób staje się niewidoczny dla ludzkiego układu immunologicznego.
Białka-antygeny należące do głównego układu zgodności tkankowej - HLA I (ang. Human Leucocyte Antigen system) - mają za zadanie rozpoznawać każdy obcy antygen próbujący dostać się do organizmu i skierować go do zniszczenia odpowiednim komórkom układu odpornościowego. Limfocyty T pomocnicze rozpoznają antygeny w kontekście białek HLA klasy II, a limfocyty T cytotoksyczne rozpoznają antygeny w kontekście białek HLA klasy I.
Wirus HIV mutując próbuje oszukać system HLA I, aby nie zostać rozpoznanym. Praca badaczy opublikowana w najnowszym numerze czasopisma “PLoS Pathogens” jest największym w historii badaniem populacji opartym na analizie naturalnych różnic w genach kodujących białka HLA I i ich wpływie na rozpoznawanie sekwencji genetycznych wirusa HIV. Na podstawie mapy genetycznej dla białek HLA I i na podstawie mutacji wirusa HIV, amerykańscy badacze pokazali, że można przewidzieć, czy wirus będzie zdolny do oszukania układu immunologicznego, czy też antygeny HLA rozpoznają go.
“Jest to nowatorski i jednocześnie zaawansowany sposób opisania, jak wirus HIV atakuje układ immunologiczny i jak ten ostatni reaguje na te ataki“, powiedział prof. Richard Harrigan - dyrektor Centre’s Research Laboratories i współautor publikacji. Dane pochodzą z próbek zebranych od osób, które od dłuższego już czasu są zakażone wirusem HIV i nie były jeszcze poddane leczeniu, a przebywają obecnie w jednym z ośrodków w Kolumbii Brytyjskiej. Oszacowaniem uzyskanych w badaniach informacji zajął się inny współautor pracy - David Heckerman z Microsoftu, który dostarczył odpowiednie oprogramowanie do analizy statystycznej. Podobne algorytmy zostaną wykorzystane do oszacowania skutków terapii przeciw wirusowi HIV.
hlbiotech
źródło: EurekAlert!
———————————
Oruginalna publikacja: Zabrina L. Brumme et al., “Evidence of Differential HLA Class I-Mediated Viral Evolution in Functional and Accessory/Regulatory Genes of HIV-1″, PLoS Pathog 3(7): e94, Published: July 6, 2007, doi:10.1371/journal.ppat.0030094
