Badanie DNA 15 popularnych i wykorzystywanych w laboratoriach na całym świecie szczepów myszy pomoże wyjaśnić naukowcom, które geny są związane z powstawaniem chorób pod wpływem różnych czynników środowiskowych.

Mapa haplotypowa myszy opublikowana 29 lipca w “Nature” jest pierwszą w pełni opisaną analizą projektu re-sekwencjonowania i odkrywania nowych polimorfizmów w mysim genomie (”Mouse Genome Resequencing and SNP Discovery Project”) przeprowadzoną przez amerykański National Institute of Environmental Health Sciences (NIEHS).

Publikacja w “Nature” dokładnie opisuje metodologię (sekwencjonowanie) wykorzystaną do identyfikacji 8,27 mln. polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNPs - ang. single nucleotide polymorphisms) rozsianych w DNA 15 szczepów myszy. Najpierw zsekwencjonowano genom myszy C57BL/6J, aby wykorzystac te dane jako standard, czyli dane referencyjne. Następnie sekwencjonowaniu poddano 14 kolejnych genomów myszy.

Prof. David A. Schwartz, dyrektor NIEHS, powiedział, że dane z sekwencjonowania pozwolą naukowcom porównywać poszczególne szczepy myszy jak rownież opracować analizy genetyczne w celu odpowiedzi na pytanie, dlaczego niektóre zwierzęta sa bardziej podatne na pewne choroby niż inne. “Przybliża nas to o jeden krok do zrozumienia indywidualnej podatności każdego człowieka na rózne toksyny pochodzące ze środowiska“, dodał Schwartz.

Wszystkie dane uzyskane w trakcie realizacji programu są publicznie dostępne w bazie NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) oraz na stronach internetowych firmy Perlegen (http://mouse.perlegen.com/mouse/index.html), która brała udział w programie badawczym NIEHS.

hlbiotech

źródło: EurekAlert!

———————————
Oryginalna publikacja: Kelly A. Frazer et al., “A sequence-based variation map of 8.27 million SNPs in inbred mouse strains”, Nature 448, 1050-1053 (30 August 2007), Published online 29 July 2007, doi:10.1038/nature06067