Nowa technika łącząca w sobie zalety technologii czipów genowych i generacji najnowszych maszyn do sewencjonowania umożliwi szybkie i dokładne sekwencjonowanie wybranych fragmentów genomu. Twórcami innowacyjnej metody są badacze z Human Genome Sequencing Center z Baylor College of Medicine w Houston, z Emory University School of Medicine w Georgii oraz z firmy NimbleGen Systems (USA).

Nowa technologia umożliwi zastąpienie reakcji PCR dla wielu różnych celów, zwłaszcza gdy celem analiz będzie sekwencjonowanie całego genomu. Odkrycie zostało opublikowane w czasopiśmie “Nature Methods”, gdzie dokładnie opisano zastosowanie mikromacierzy do zwiększenia objętości specyficznych sekwencji, a następnie wykorzystanie nowoczesnych maszyn do sekwencjonowania DNA w celu określenia sekwencji genomowej.

Prosty przykład zastosowania technologii to szukanie mutacji w konkretnym genie np. powodującym raka (np. BRCA1). Tworzy się mikromacierz komplementarną do wybranego fragmentu, a następnie hybrydyzuje się DNA na czipie. Następnie wypukuje się wszystko, co nie przylepia się do płytki. Takie działanie może zwiększyć wielkość sekwencjonowanych fragmentów.

Nowy proces jest dużo prostszy, bardziej dokładny i dużo wydajniejszy niż multiplex PCR, który był wcześniej używany do sekwencjonowania fragmentów genomu. Z użyciem nowej technologii możliwe jest analizowanie nawet 6400 eksonów. Taka analiza zajęłaby co najmniej sześć miesięcy z użyciem starych technologii. Twórcy mają nadzieję, że dzięki ich odkryciu możliwe będzie zsekwencjonowanie wszystkich eksonów w genomie.

Joanna Kasprzak (Czwojdrak)

źródło: ScienceDaily.com

———————————
Oryginalna publikacja: David T Okou et al., “Microarray-based genomic selection for high-throughput resequencing”, Nature Methods, Published online: 14 October 2007, doi:10.1038/nmeth1109