Międzynarodowy zespół badaczy zsekwencjonował DNA należące do 4-letniego kota domowego (łac. Felis catus) rasy abisyńskiej o wdzięcznym imieniu Cinnamon (Cynamon), którego pochodzenie ze Szwecji datowane na kilka pokoleń wstecz zostało dokładnie udokumentowane. Pracę publikuje czasopismo “Genome Research“.
Na podstawie danych pochodzących z wcześniejszych programów sekwencjonowania genomów człowieka, szympansa, szczura, myszy, psa i krowy oraz z mapowania genomu kota, badacze stwierdzili, że sekwencje Cinnamona pokrywają się w 65 procentach z obszarami bogatymi w euchormatynę (chromatynę kodującą, zwierającą geny) kociego genomu.
Badacze ustalili prawdopodobną liczbę genów w genomie kota na ponad 20 tysięcy. Porównanie DNA kota i innych ssaków pokazało również setki rearanżacji chromosomowych, które miały miejsce w toku ewolucji, kiedy to powstały rózne linie ssaków od praprzodka niewielkich rozmiarów żyjącego ok. 100 mln. lat temu.
Sekwencjonowanie genomu kota domowego ma służyć poprawie zdrowia tych zwierząt (ok. 90 mln. kotów jest w posiadaniu samych tylko Amerykanów). Dane uzyskane z rozszyfrowania DNA mają pomóc również w badaniach i opracowywaniu nowych terapii, gdyż koty są dobrym modelem ludzkich chorób. Dlatego też projekt sekwencjonowania kota autoryzował i wspierał amerykański National Human Genome Research Institute (NHGRI).
U kotów domowych można stwierdzić ok. 250 różnych chorób o podłożu genetycznym. Cinnamon choruje na retinopatię barwnikową (ang. retinitis pigmentosa), degeneracyjną chorobę oczu mogącą doprowadzić do ślepoty. Oprócz tego koty atakowane są przez wirus FIV (ang. feline immunodeficiency virus) podobny do ludzkiego wirusa HIV. Dlatego zwierzęta te są również doskonałym modelem mającym pomóc zrozumieć AIDS i opracować odpowiednie metody zapobiegania i zakażeniom HIV i leczenia nabytego braku odporności.
Dzięki danym z sekwencjonowania DNA Cinnamona udało sie zidentyfikować setki tysięcy polimorfizmów (SNPs, STRs, DIPs) w genomie, które pomogą zidentyfikować podatność na różne choroby i opracowanie odpowiednich testów genetycznych. Dane te umożliwią też analizę pochodzenia kotów, ewolucję tych ssaków, planowanie ich ukierunkowanej hodowli. Badacze poszukiwali też w kocim genomie mikroRNA, powtórzeniowych fragmentów DNA oraz Numts - fragmentów materiału genetycznego w jądrze komórkowym, które dostały się do chromosomów z genomu mitochondrialnego.
hlbiotech
źródło: Biocompare.com, CSHL, EurekAlert!
———————————
Oryginalna publikacja: Joan U. Pontius et al., “Initial sequence and comparative analysis of the cat genome”, Genome Res. 2007 17: 1675-1689
