Genom wirusa HIV zawiera jedynie 9 genów kodujących 15 białek. Jest to więc patogen-minimalista jeśli chodzi o wymagania. Brak wysublimowanej molekularnej maszynerii prowadzi do konieczności posługiwania się białkami atakowanych komórek w celu dalszego rozprzestrzeniania się wirusa w organiźmie. Badacze opublikowali właśnie najszerszą z dotychczasowych listę białek “kooperujących” ku własnej zagładzie z wirusem HIV.

W pracy, która ukazała się w “Science“, badacze ujawniają 273 białka niezbędne dla rozprzestrzeniania się wirusa HIV. Większość z nich nigdy wcześniej nie występowała w zestawieniu z wirusem HIV.

Naukowcy użyli techniki zwanej interferencją RNA (RNAi). Wykorzystali oni biblioteki krótkich odcinków RNA (siRNA), które podali komórkom infekowanym na końcu wirusem HIV. Badacze wykorzystali ogromną liczbę siRNA (ok. tysiąca) celujących w różne geny. Następnie na podstawie obserwacji, czy komórki w każdym dołku na płytce uległy infekcji, wywnioskowali oni, że jeśli tak się nie stało, to brakujące wyciszone białko było potrzebne do zakażenia komórki. Dzięki takiemu masowemu skriningowi powstał spis białek-potencjalnych celów terapeutycznych, które mogą być potwierdzone w kolejnych badaniach z użyciem leków.

Jest to pierwszy na tak dużą skalę skrining całkowitego genomu w poszukiwaniu białek zaangażowanych w propagację wirusa. Badacze przypuszczają, że część białek mogła zostać pominięta, ale większość na pewno została zidentyfikowana. Z listy 273 do tej pory zaledwie 36 było znanych jako “kooperujące” z wirusem.

hlbiotech

źródło: ScienceDaily.com

———————————
Oryginalna publikacja: Abraham L. Brass et al., “Identification of Host Proteins Required for HIV Infection Through a Functional Genomic Screen”, Science, Published Online January 10, 2008, DOI: 10.1126/science.1152725