Międzynarodowe konsorcjum badawcze ogłosiło start niezwykle ambitnego projektu zsekwencjonowania przynajmniej tysiąca genomów różnych ludzi, którego celem ma być utworzenie najdokładniejszej mapy różnic genetycznych i poznanie ich wpływu na powstawanie chorób.
Projekt “1000 Genomes” koordynowany jest przez trzy główne ośrodki naukowo-badawcze: National Human Genome Research Institute (USA), Wellcome Trust Sanger Institute (Wielka Brytania) oraz Instytut Genomiki w Pekinie (Chiny).
Projekt jest dużym wyzwaniem od strony technicznej. Do tej pory udało się zsekwencjonować w całości zaledwie trzy ludzkie genomy. Jeśli brać pod uwagę możliwości dziesiejszych technik sekwencjonowania, to całkowity koszt projektu powinien wynieść około 500 mln. dolarów! Jednak liderzy projektu są zdania, że dzięki zastosowaniu innowacyjnych platform sekwencjonowania, uda się zamknąć koszt projektu w 30-50 mln. dolarów.
W pierwszym etapie projekt przewiduje przeprowadzenie trwających około roku trzech pilotażowych testów, które mają wyłonić jedną technikę, która będzie wykorzystywana w dalszym etapie prac do stworzenia najbardziej dokładnej mapy ludzkiego genomu.
W czasie dwuletniego “etapu produkcyjnego” sekwencjonowanych będzie ok. 8,2 mld. par zasad dziennie, czyli rozszyfrowane zostaną 2 pełne genomy co 24 godziny.
W projekcie wykorzystany zostanie DNA uczestników wcześniejszego projektu HapMap. DNA pochodzić ma między innymi od takich społeczności jak: Jorubowie z Ibadanu (trzeciego co do wielkości miasta Nigerii), Japończycy z Tokio, Chińczycy z Pekinu, mieszkańcy amerykańskiego stanu Utah z korzeniami europejskimi, członkowie ludu Luhya z Webuye (przemysłowego miasta w Kenii), Masajowie z Kinyawy w Kenii, Toskańczycy z Włoch, mieszkający w Houston (USA) Hindusi pochodzący z Gujaratu (Indie), Chińczycy z Denver (USA), ludzie pochodzenia meksykańskiego z Los Angeles oraz pochodzenia afrykańskiego z południowo-zachodnich stanów USA. Jak zapewniają liderzy projektu, informacja genetyczna uczestników będzie chroniona, a oni sami pozostaną anonimowi, aby zapobiec identyfikacji uczestników. Natomiast dane z projektu będą dostępne publicznie w jednej z baz danych.
Dzięki uzyskaniu informacji pochodzącej z grupy 1000 genomów, badacze uważają, że dane te będą reprezentatywne dla 1 procenta całej populacji.
hlbiotech
źródło: ScienceDaily.com, TechnologyReview.com
