Naukowcy z Johns Hopkins Institute of Genetic Medicine (USA) opracowali największe jak dotąd źródło informacji eksperymentalnych na temat ludzkich białek. Na łamach czasopisma “Nature Biotechnology” opisano jak badacze z całego świata mogą uzyskać dostęp do tych danych, aby przyspieszyć swoje własne projekty i nie powielać wykonanych już analiz.

Postęp technologiczny sprawił, że generowanie nowych danych stało się prostsze, ale ich przetwarzanie i interpretacja nadal wymagają dużego wysiłku. Proteinpedia to narzędzie stworzone z myślą o prostych w użyciu formularzach internetowych, dzięki którym użytkownicy będą mogli nie tylko korzystać z udostępnionych wcześniej danych, ale także sami będą mieli możliwość wprowadzenia własnych wyników. Proteinpedia jest wzorowana na popularnej Wikipedii. Narzędzie umożliwia każdemu badaczowi wprowadzanie danych i ich edycję, gdy wyniki badań zastaną poszerzone. Da to wielu naukowcom możliwość szybkiego zorientowania się nt. analiz eksperymentalnych, jakie już zostały przeprowadzone, co powinno znacznie przyspieszyć pracę i wymianę informacji między środowiskami naukowymi.

Ludzka Proteinpedia zawiera informacje o tym, kiedy i gdzie konkretne białka ulegają ekspresji bądź jej nie ulegają, są też dane na temat chorych komórek i tkanek (np komórki rakowe), można też znaleźć sporo ciekawych wiadomości na temat modyfikacji białek i ich wzajemnych oddziaływań. Na stronie gromadzone są jednak tylko dane pochodzące z eksperymentów bez włączania informacji pochodzących z symulacji komputerowych, które mogą się okazać nieprawdziwe. Obecnie dostępna wersja Proteinpedii zawiera dane pochodzące z ponad 70 laboratoriów z całego świata co odpowiada danym o około 15 tys. ludzkich białek.

Serwis jest dostępny pod adresem internetowym: http://www.humanproteinpedia.org

Joanna Czwojdrak

źródło: ScienceDaily.com

———————————
Oryginalna publikacja: Suresh Mathivanan et al., “Human Proteinpedia enables sharing of human protein data”, Nature Biotechnology 26, 164 - 167 (01 Feb 2008)