Naukowcy z Instytutu Bioinformatyki stanu Virginia oraz z Wydziału Informatyki na Virginia Tech (USA) są autorami pierwszej analizy interakcji białek ludzkich z wirusowymi i białkami innych patogenów. Badacze sprawdzili wszystkie publicznie dostępne dane dla 190 różnych patogenów, co odpowiada ponad 10 tysiącom oddziaływań między białkami ludzkimi i patogennymi.
Wykonane analizy, opublikowane na łamach “PLoS Pathogenes“, dają szczegółową mapę sieci ludzkich białek, które wchodzą w interakcje z różnymi patogenami. Sieć tych oddziaływań ujawnia możliwe kluczowe punkty “uchwytu” dla rozwoju nowych leków na choroby infekcyjne. Ma to kluczowe znaczenie, gdyż tego typu choroby są przyczyną milionów zgonów rocznie.
Szczególną uwagę naukowcy zwrócili na dwie sieci ludzkich białek - białka oddziałujące z co najmniej dwoma patogenami wirusowymi i białka, które wchodzą w interakcje z co najmniej dwoma patogenami bakteryjnymi. Terminy Gene Ontology wyznaczone dla tych zbiorów białek dały informacje na temat funkcji różnych białek. Dużym osiągnięciem naukowców było udowodnienie, że patogeny preferencyjnie oddziałują z dwoma klasami białek ludzkich, które określa się jako huby i wąskie gardła. Huby to popularne białka oddziałujące z wieloma innymi białkami w sieci interakcji ludzkich białek.
Z kolei wąskie gardła to białka, które są związane z najkrótszymi ścieżkami w sieci. Wydaje się, że patogeny maksymalizują swoją szansę sukcesu przez atak tych kluczowych białek podczas infekcji. W wielu przypadkach, ludzkie białka, które są związane z infekcją to białka o których wiadomo, że są zaangażowane w procesy nowotworowe, np. czynnik transkrypcyjny STAT1 czy białko TP53. To odkrycie sugeruje ciekawe podobieństwa między infekcjami patogenem a rakiem i otwiera nowe obszary badań.
Joanna Czwojdrak
źródło: ScienceDaily.com
———————————
Oryginalna publikacja: Matthew D. Dyer, T. M. Murali, Bruno W. Sobral, “The Landscape of Human Proteins Interacting with Viruses and other Pathogens”, PLoS Pathog 4(2): e32, Published: February 15, 2008, doi:10.1371/journal.ppat.0040032
