Określenie struktury nieznanych naturalnych związków chemicznych jest wolnym i bardzo kosztownym etapem wyszukiwania i rozwijania nowych leków. Sytuacja może się zmienić dzięki nowemu połączeniu protokołów eksperymentalnych i obliczeniowych rozwiniętych na Uniwersytecie Kalifornii i zaprezentowanych na konferencji RECOM2008 (Research in Computational Molecular Biology) w Singapurze.
Naukowcy z San Diego (USA) wynaleźli sposób na skrócenie czasu potrzebnego do określenia struktury peptydów od roku do tylko jednego dnia. Ten postęp ułatwi rozwijanie nowych leków takich jak antybiotyki, leki przeciwwirusowe i inne farmaceutyki.
Obecnie proces poszukiwania cząsteczki, która może być wykorzystana jako lek jest bardzo czasochłonne, trudne i kosztowne. Naukowcy z San Diego rozwinęli szybką, zautomatyzowaną i niedrogą metodę do określania struktury nierybosomalnych peptydów NRP, czyli cząsteczek uważanych za potencjalne leki. Metoda została opracowana dzięki innowacyjnej współpracy specjalistów od spektrometrii mas z UCSD Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences oraz bioinformatyków i informatyków z UCSD’s Jacobs School of Engineering.
Jeśli wyobrazić sobie strukturę NRP jako cykliczny łańcuch koralików, nowy algorytm odszyfrowuje masę każdego paciorka w oparciu o wyniki spektrometrii mas i określa porządek koralików wewnątrz pierścienia. Dzięki temu zdobywane są najbardziej istotne etapy analizy czyli struktura i aktywność farmakologiczna.
Poza wykorzystaniem metody do wyszukiwania nowych leków, autorzy uważają, że program może też znaleźć zastosowanie z inżynierii biosyntetycznej to zaprogramowania szczepów E.coli tak, aby tworzyły linie NRP.
Joanna Kasprzak (Czwojdrak)
źródło: ScienceDaily.com, “Drug Discovery Bottleneck Eliminated With New Protocol”
———————————
Oryginalna publikacja: Prezentacja “De Novo Sequencing of Nonribosomal Peptides,” presented at RECOMB 2008 by Nuno Bandeira, Julio Ng, Dario Meluzzi, Pieter Dorrestein and Pavel A. Pevzner from University of California, San Diego, USA; Roger G. Linington from University of California, Santa Cruz, USA
