W tym miesiącu (kwiecień 2008) Protein Data Bank (PDB), umiejscowiony na Rutgers University (USA), po ponad 37 latach działalności zarchiwizował 50-ciotysięczną molekułę.
PDB to repozytorium struktur trzeciorzędowych dużych cząsteczek i kwasów nukleinowych. Baza udostępnia dane użytkownikom z całego świata bez pobierania opłat. PDB zostało ufundowane w 1971 roku. Dziennie dodawanych jest do archiwum średnio 25 “świeżo” rozwikłanych struktur. Użytkownicy PDB ściągają ponad 5 milionów plików każdego miesiąca. Z bazy korzystają głównie biolodzy strukturalni, obliczeniowi, biochemicy i biolodzy molekularni.
Jedna z niedawno dodanych
do bazy PDB struktur.
Duże białko GP7 kapsydu
bakteriofaga epsilon 15
(źródło: Rcsb.org)
PDB jest udostępniana w postaci serwisu internetowego i bazy danych, która umożliwia użytkownikom analizować i wizualizować struktury makrocząsteczek biologicznych ich sekwencje, funkcje czy zaangażowanie w wywoływanie procesów chorobowych.
Przewiduje się, że PDB nie tylko podwoi, ale raczej potroi liczbę gromadzonych danych aż do 150 tysięcy struktur do 2014 roku. Co znacznie przyspieszy rozwój nauk biologicznych i medycznych.
Do najbardziej znanych struktur zdeponowanych w PDB należą z całą pewnością receptory adrenergiczne, które zrewolucjonizowały procedury projektowania leków na choroby serca, alergie i liczne inne przypadłości; także struktury wielu wirusów jak HIV.
Joanna Czwojdrak
źródło: ScienceDaily.com, “Protein Data Bank Archives 50,000th Molecule Structure”
