W ramach finansowanego przez UE projektu naukowego badacze opracowali nową opartą na sekwencjonowaniu strategię umożliwiającą szybkie określenie właściwości genetycznych zjadliwych patogenów. Techniki takie mają ogromne znaczenie dla skuteczności działań podejmowanych w przypadku epidemii nowego szczepu choroby lub w odpowiedzi na atak bioterrorystyczny.
Klasyczna technika sekwencjonowania metodą Sangera z powodzeniem wykorzystywana od lat do badania genomów wielu organizmów żywych, w tym bakterii, mogłaby być wykorzystana również do sekwencjonownia materiału genetycznego patogenów. Jednak metoda ta jest dosyć powolna i choć samo sekwencjonowanie całego bakteryjnego genomu zabiera dziś jedynie kilka godzin, to jednak końcowa analiza otrzymanych wyników wymaga dodatkowego czasu i na pewno nie sprawdziłaby się w przypadku nagłego uwolnienia czynników biologicznych (np. podczas ataku bioterrorystycznego), gdzie konieczna jest bardzo szybka detekcja patogenu i odpowiedź.
Na łamach “Genome Research” naukowcy z Francji i Szwecji opisują na przykładzie bakterii Franciscella tularensis (wywołującej tularemię) metodę wykorzystania szybko zsekwencjonowanego, niepełnego genomu i porównanie go z istniejącymi genomami tego samego gatunku. Jak podkreślają badacze, “Głównym celem pracy byłom oszacowanie dostępnej technologii automatycznego pirosekwencjonowania bez konieczności dodatkowej analizy wyników“.
“Wykazaliśmy, że strategia ta jest skuteczna pod względem wykrywania polimorfizmów genetycznych, takich jak modyfikacja genu odpowiedzialna za odporność na antybiotyki, oraz utraty materiału genetycznego” - powiedział dr La Scola, główny autor publikacji.
Naukowcy zsekwencjonowali w swoich badaniach szczep bakterii tularemii wyizolowany od jednego z pacjentów wykorzystując do tego celu system automatycznego sekwencjonowania Roche/454 Life Sciences GS20 i porównali tak otrzymane wyniki z dostępnymi danymi dotyczącej bakterii F. tularensis również ze szczepami o mniejszej zjadliwości i opornych na antybiotyki.
hlbiotech
źródło: Bionity.com, “Scientists develop strategy to rapidly describe outbreak strains with next-generation DNA sequencing”
———————————
Oryginalna publikacja: Bernard La Scola et al., “Rapid comparative genomic analysis for clinical microbiology: The Francisella tularensis paradigm”, Genome Research, Published online before print April 11, 2008, doi:10.1101/gr.071266.107
