W dniach 30 sierpnia - 5 września 2008 r. w Gdańsku odbyła się międzynarodowa konferencja poświęcona biologii plazmidów “International Plasmid Biology Conference - IPBC”. Spotkanie zostało zorganizowane pod kierunkiem Międzynarodowego Towarzystwa Biologii Plazmidów i innych Ruchomych Elementów Genetycznych (ISPB - ang. International Society for Plasmid Biology and other Mobile Genetic Elements), którego koordynatorem jest prof. Saleem A. Khan z University of Pittsburgh (USA). Organizatorami konferencji w Polsce był prof. dr hab. Igor Konieczny i prof. dr hab. Grzegorz Węgrzyn z Uniwersytetu Gdańskiego.
Z tej okazji do Gdańska zostało zaproszonych wielu znakomitych naukowców z całego świata specjalizujących się w różnych aspektach szeroko rozumianej biologii plazmidów i mogących poszczycić się znaczącymi osiągnięciami na polu badań tych pozachromosomowych elementów genetycznych.
Rozpoczęcie konferencji i krótkie przemówienie prof. Saleema A. Khana
Należy zaznaczyć, że wśród uczestników konferencji była również duża grupa naukowców z Polski: prof. dr hab. Grażyna Jagura-Burdzy i dr hab. Małgorzata Łobocka wraz z zespołami z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, dr hab. Dariusz Bartosik z zespołem z Uniwersytetu Warszawskiego, pracownicy Zakładu Bioinżynierii Instytutu Biotechnologii i Antybiotyków w Warszawie i liczna grupa naukowców z Uniwersytetu Gdańskiego i Akademii Medycznej, m.in. z grup badawczych prof. dr hab. Igora Koniecznego i prof. dr hab. Grzegorza Węgrzyna.
Powitanie uczestników konferencji przez prof. Grzegorza Węgrzyna
Kilkudniowa konferencja została podzielona na 6 paneli tematycznych w ramach których zaproszeni naukowcy prezentowali swoje wyniki badań w formie krótkich wykładów, po których zaplanowana była dyskusja, i posterów przedstawianych podczas dwóch sesji posterowych. Główne tematy podejmowane na konferencji to:
1. replikacja plazmidów i jej regulacja
2. partycja i systemy stabilizujące plazmidy
3. transfer
4. ekologia i ewolucja
5. wirulencja i patogenność
6. genomika i biotechnologia.
W trakcie poszczególnych sesji zaprezentowano następujące tematy badań:
1. Replikacja plazmidów i jej regulacja:
George Chaconas
“Intra-plasmidic transposition and the role of recombinogenic beacons in the antigenic variation system of B. burgdorferi”
Marcin Filutowicz
“Regulatory Ramifications of the Binding Modes of R6K-Encoded Initiator Protein: Cooperativity Differences of Monomers and Dimers”
Rafael Giraldo
“RepA replication initiator: A plasmid protein Lego for all seasons”
Saleem A. Khan
“Biochemical activities and possible roles of the RepX replication protein of plasmid pXO1 of Bacillus anthracis in plasmid replication and partition”
Igor Konieczny
“13-mer motifs and helicase complex rearrangements during plasmid RK2 replication initiation”
Wesley Loftie-Eaton
“PLASMID pRAS3″
Renata Mass
“Evidence that DNA Replication Is Conservative
Wilfried Rozhon
“Replication regulation of pHW126, a representative of a novel plasmid group”
Gloria del Solar
“RepB, the initiator of replication of the promiscuous plasmid pMV158, forms a hexameric ring: structural, functional and evolutionary implications”
Christopher D. Thomas
“Cross-specificity in the dimerisation of pT181 family Rep proteins”
Shay Tal “Plasmid copy numbers at the single cell level”
Grzegorz Węgrzyn
“Transcriptional activation of ori-lambda: complexity of replication initiation regulation”
2. Partycja i systemy stabilizujące plazmidy:
Juan Alonso
“Molecular and topological anatomy of the Streptococcus pyogenes pSM19035 partition complex”
Stuart Austin
“The dynamics of P1 plasmid segregation”
Ramon Diaz-Orejas
“Regulation and activity of the parD (kis, kid) toxin-antitoxin system of plasmid R1″
Boris Dorokhov
“Partition of the linear plasmid prophage N15: analysis of intracellular localization in vivo using fluorescence microscopy
Barbara Funnell
“Visualization of P1 ParA dynamics on DNA”
Kenn Gerdes
“Cytoskeletal ATPases encoded by Type I and Type II par loci stabilize plasmids by different mechanisms”
Slade Jensen
“Novel maintenance mechanism of staphylococcal multiresistance plasmids”
David Lane
“Activation of the SopA partition ATPase”
David Summers
“Multicopy plasmid stability: modelling the regulation of the Rcd checkpoint”
Christopher M. Thomas
“Regulation of maintainence and transfer of promiscuous plasmids”
3. Transfer:
Lubomir Dostal
“Mapping of TraI single-stranded DNA activities”
Laura Frost
“A model for F Plasmid TraM-TraD interaction: Joining the Coupling Protein to the Relaxosome in a Plasmid-Specific Manner.”
Pilar Garcillan-Barcia
“The diversity of bacterial conjugative transfer systems.”
Elisabeth Grohmann
“Conjugative plasmid transfer in Gram-positive bacteria: molecular clues and monitoring tools.”
Xiaomin Hu
“Distribution, diversity and potential mobility of extra-chromosomal elements related to the Bacillus anthracis pXO1 and pXO2 virulence plasmids.”
Gunther Koraimann
“The plasmid and its host: minimizing stress, maximizing success.”
Maxtalen Llosa
“Conjugative relaxase TrwC: a potential tool for genomic engineering. Nuclear localization and site-specific recombination on human DNA sequences.”
Richard Meyer
“Reduced specificity of the R1162 relaxosome results in the transfer of chromosomal DNA.”
Gunter Muth
“Molecular characterization of the FtsK-like DNA- translocation system mediating conjugal plasmid transfer in Streptomyces.”
David Romero
“Repression and transcriptional interference control the conjugative activity of rhizobial symbiotic plasmids.”
Julian Rood
“Functional analysis of the conjugation region of pCW3 from Clostridium perfringens.”
Trudi Bannam
“Protein-Protein interactions between Tcp proteins of the Clostridium perfringens transfer system.”
Joel Schildbach
“Organization and orientation of F plasmid relaxosome components.”
Ellen Zechner
“Conjugative plasmid induced biofilm formation of E. coli: Mutational analysis reveals coordinated regulation of plasmid functional modules.”
Janina P. Lewis
“Plasmids for post-genomic analysis of Porphyromonas gingivalis.”
4. Ekologia i ewolucja plazmidów:
Susana Brom
“Rhizobium plasmids: conjugative transfer and generation of chimeras.”
Rob Van Houndt
“The effect of pMOL28 and pMOL30 plasmids specialized in heavy metal response on the global transcriptome of Cupriavidus metallidurans CH34.”
Max Mergeay
“Cupriavidus metallidurans CH34 genomic islands and environmental adaptation.”
Claudia Oliveira
“Bacterioneuston versus bacterioplankton: culture independent approach to screen for broad host range plasmids, antibiotic resistance and integron gene sequences.
Douglas Rawlings
“Evolution of the highly promiscuous, broad host-range IncQ plasmids.”
Kornelia Smalla
“Discovery of plasmids with extremely low G+C content - importance for the spread of antibiotic resistance in manure-fertilized soil.”
Patricia Sobecky
“Horizontal gene transfer of PIB-type ATPases among bacteria isolated from radionuclide and metal contaminated subsurface soils.”
Sarah Turner
“Heterogeneous selection affects fitness trade-offs of plasmid carriage for Pseudomonads in a bio-layer.”
Eva Top
“Spatial structure and nutrients promote invasion of IncP-1 plasmids in bacterial populations.”
Masaki Shintani
“Basic features and environmental behaviors of IncP-7 carbazole degradative plasmid pCAR1.”
Wykład prof. Evy Top
Wykład Masaki Shintaniego, nominowanego do Nagrody Briana Wilkinsa
5. Wirulencja i patogenność:
Jorge Crosa
“Nature of the replication of the pJM1 plasmid, an essential component of virulence in Vibrio anguillarum.”
Vicky Enne
“In vivo and in vitro fitness effects of expressed and silent IncN plasmids.”
Stephen Winans
“Nutrients released from crown gall tumors play complex and opposing roles in quorum-dependent conjugation of Ti plasmids of Agrobacterium tumefaciens.”
Timothy Johnson
“Pathogenomics of the virulence plasmids of Escherichia coli.”
6. Genomika i biotechnologia:
Stephen Busby
“Transcriptional regulation in Escherichia coli - the big picture”
Marcin Filutowicz
“Plasmid Biology Facilitates Two-pronged Antibiotic Discovery Programs”
Raul Fernandez-Lopez
“The transcriptional regulation network of the IncW plasmid R388 defines its functional modules”
Anne Summers
“Progress in plasmid genomics and bioinformatics: new tools + more information = new perspectives”
Prof. Stephen Busby i wykład o regulacji transkrypcji u E. coli
Najwięcej uwagi poświęcono zagadnieniom regulacji replikacji plazmidów i transferowi. Poza tym zostały zorganizowane dwie sesje posterowe: jedna obejmująca zagadnienia - replikacja, stabilność i transfer plazmidów, a druga - ekologia i ewolucja plazmidów, patogenność, genomika i zastosowanie plazmidów w biotechnologii. Sesje posterowe cieszyły się ogromnym zainteresowanie ze strony uczestników konferencji. Plakaty przedstawiały prace badawcze prowadzone głównie przed studentów i doktorantów. W ten sposób realizatorzy projektów mogli przedyskutować swoje wyniki badań z innymi naukowcami.
Sesja posterowa I
Sesja posterowa II
Poza tym plakaty były oceniane przed kilkuosobową komisję, która wyłoniła zwycięzców następujących prac:
Ana Maria Hernandez-Arriaga
“Regulation of the TA systems of the kis-kid family by their toxins and antitoxins”
(Hiszpania, Postdocs poster)
Yurika Takahashi
“Different responses of chromosomal transcriptome to extrachromosomal plasmid”
(Japonia)
Casey W. Hemmis
“Examining the Role of TrbB in F plasmid Conjugation”
(USA)
Meiyi Wu
“Assembling the segrosome, the nucleoprotein machine for plasmid segregation”
(Wielka Brytania)
Anne Kalliomaa Sanford
“Recruitment of Orf44, an ad hoc transcriptional repressor, into a putative partition cassette in teh archaeon Sulfolobus”
(Wielka Brytania)
Jutta Vogelmann
“Conjugation in Streptomyces is mediated by the FtsK-like Motor Protein TraB”
(Niemcy)
Mildred Castellanos
“Holliday junction enzymes play a determinant role for gene conversion in Rhizobium etli”
(Meksyk)
Ana Maria Hernandez-Arriaga odbiera nagrodę za plakat
Kolejny zwycięzca sesji plakatowej - Casey W. Hemmis
Nominowani do Nagrody Briana Wilkinsa: Timothy Johson i Masaki Shintani
wraz z Christopherem M. Thomasem
Abstrakty wszystkich zaprezentowanych wykładów na IPBC zostaną zamieszczone w następnym wydaniu czasopisma “Plasmid”.
W trakcie konferencji zostało ogłoszone miejsce kolejnego spotkania specjalistów z dziedziny biologii plazmidów. Kolejna “International Plasmid Biology Conference – IPBC” odbędzie się w 2010 w Barioche w Argentynie. Organizatorami następnego spotkania będzie Antonio Lagares i Mariano Pistorio z Uniwersytetu w La Plata.
Jeden z organizatorów kolejnej konferencji w Argentynie - Antonio Lagares
Należy również wspomnieć, że uczestnicy konferencji mogli poznać Trójmiasto i Malbork w trakcie wycieczek z przewodnikami. Poza tym między wykładami zaplanowane były lunche, a wieczorami wszyscy uczestnicy spotykali się na kolacji w restauracji “Piwnica Rajców”, co sprzyjało przyjacielskiej atmosferze i nawiązywaniu nowych naukowych kontaktów.
oprac. wł. oraz fot. Magdalena Szuplewska
***
Galeria Zdjęć z Konferencji IPBC 2008:
