Na tej stronie można znaleźć opisy najpopularniejszych i łatwo dostępnych w internecie (bio)narzędzi (tzw. BioTools), którymi w codziennej pracy posługują sie biotechnolodzy i biolodzy molekularni na całym świecie. Narzędzia te (programy) znacznie ułatwiają wertowanie zasobów literaturowych, poszukiwanie i porównywanie sekwencji nukleotydowych i białkowych, projektowanie primerów do reakcji PCR, opracowywanie optymalnych strategii klonowania materiału genetycznego, dobór właściwych siRNA, shRNA lub miRNA, czy choćby proste obliczenia matematyczne i chemiczne przy doborze odpowiedniej ilości odczynników.
NARZĘDZIA PRACY BIOTECHNOLOGA:
1. Baza danych PubMed ![]()
2. BioKalkulator ![]()
3. BLAST ![]()
1. Baza literaturowa PubMed:
Nie ulega wątpliwości, że biotechnolodzy i biolodzy molekularni bardzo często sięgają do literaury naukowej. Najbardziej popularną i darmową bazą danych jest PubMed
- opracowana przez amerykańską Narodową Bibliotekę Medycyny (NLM - ang. National Library of Medicine). Baza PubMed utrzymywana jest na stronach Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI - ang. National Center for Biotechnology Information) należącego do sieci placówek badawczo-rozwojowych Narodowych Instytutów Zdrowia (NIH - ang. National Institutes of Health):
Szukaj w PubMed:
2. BioKalkulator firmy Promega: ![]()
Podstawowe narzędzie do obliczania różnych parametrów w laboratorium. Dzięki niemu policzymy:
- liczbę μg do pmol i na odwrót dla dwuniciowego DNA (dsDNA),
- liczbę μg/ml do pmol/μl i na odwrót dla jednoniciowego DNA (ssDNA, oligonukleotydów),
- liczbę μg do pmol zakończeń liniowego DNA,
- stosunek ilości insertu do wektora dla reakcji ligacji,
- stężenie kwasów nukleinowych na podstawie gęstości optycznej przy długości fali 260nm,
- stężenie i ilość białek na podstawie liczby kilodaltonów (kDa),\
- rozcieńczenie i molarność roztworów,
- konwersje związane z temperaturami,
- temperaturę topnienia oligonukleotydów (Tm).
![]()
3. BLAST - narzędzie dostępne w bazie NCBI: ![]()
Narzędzie to ułatwi nam różnego rodzaju porównywanie sekwencji nukleotydowych i białkowych:
- nucleotide blast - porównanie sekwencji nukleotydowej z danymi dostępnymi w bazie;
- protein blast - porównanie sekwencji aminokwasowej z danymi dostępnymi w bazie;
- liczbę μg do pmol i na odwrót dla dwuniciowego DNA (dsDNA),
- liczbę μg/ml do pmol/μl i na odwrót dla jednoniciowego DNA (ssDNA, oligonukleotydów),
- liczbę μg do pmol zakończeń liniowego DNA,
- stosunek ilości insertu do wektora dla reakcji ligacji,
- stężenie kwasów nukleinowych na podstawie gęstości optycznej przy długości fali 260nm,
- stężenie i ilość białek na podstawie liczby kilodaltonów (kDa),\
- rozcieńczenie i molarność roztworów,
- konwersje związane z temperaturami,
- temperaturę topnienia oligonukleotydów (Tm).
![]()
NCBI Blast - porównywanie dwóch sekwencji
Primer 3 - szukanie i analiza primerów
OligoAnalyzer - analiza oligonukleotydów
Reverse Complement - lustrzana sekwencja nukleotydów
Webcutter - analiza restrykcyjna sekwencji DNA
Searchgenes - prosta wyszukiwarka nazw i właściwości genów
BLAST 2 Sequences - porównywanie dwóch sekwencji aminokwasowych lub nukleotydowych
siRNA Finder - opracowywanie i analiza sekwencji siRNA
Expasy - system analizy proteomicznej
iHOP - wyszukiwarka informacji na temat białek
Pathway Builder - narzędzie do wizualizacji szlaków
Biocarta Pathways - zbiór szlaków metabolicznych i sygnałowych
qPCR Analysis Tool - narzędzie analizy oligonukleotydów do Real Time-PCR
———————————

