HOME | O STRONIE | KONTAKT | NOTA PRAWNA | WSPÓŁPRACA | REKLAMA  RSS dla Biotechnolog.net
BIOTECHNOLOGIA: Prawo | BioKsiążki | Kalendarium | BioNarzędzia | BioKariera | Linki
INFORMACJE: BiotechFlesz | Archiwum | Nasi Partnerzy | Firmy | Ogłoszenia ⁄ Praca Biotechnolog.net - English info about this site

R E K L A M A:
Kup sobie mikroba

BIONARZĘDZIA

Na tej stronie można znaleźć opisy najpopularniejszych i łatwo dostępnych w internecie (bio)narzędzi (tzw. BioTools), którymi w codziennej pracy posługują sie biotechnolodzy i biolodzy molekularni na całym świecie. Narzędzia te (programy) znacznie ułatwiają wertowanie zasobów literaturowych, poszukiwanie i porównywanie sekwencji nukleotydowych i białkowych, projektowanie primerów do reakcji PCR, opracowywanie optymalnych strategii klonowania materiału genetycznego, dobór właściwych siRNA, shRNA lub miRNA, czy choćby proste obliczenia matematyczne i chemiczne przy doborze odpowiedniej ilości odczynników.

NARZĘDZIA PRACY BIOTECHNOLOGA:

1. Baza danych PubMed DOWN
2. BioKalkulator DOWN
3. BLAST DOWN
 

1. Baza literaturowa PubMed:

 
Nie ulega wątpliwości, że biotechnolodzy i biolodzy molekularni bardzo często sięgają do literaury naukowej. Najbardziej popularną i darmową bazą danych jest PubMed PubMed - opracowana przez amerykańską Narodową Bibliotekę Medycyny (NLM - ang. National Library of Medicine). Baza PubMed utrzymywana jest na stronach Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI - ang. National Center for Biotechnology Information) należącego do sieci placówek badawczo-rozwojowych Narodowych Instytutów Zdrowia (NIH - ang. National Institutes of Health):
 
Szukaj w PubMed:

Przeszukaj

dla następującej frazy:

POWRÓT
 

2. BioKalkulator firmy Promega: BioKalkulator firmy Promega

 
Podstawowe narzędzie do obliczania różnych parametrów w laboratorium. Dzięki niemu policzymy:
- liczbę μg do pmol i na odwrót dla dwuniciowego DNA (dsDNA),
- liczbę μg/ml do pmol/μl i na odwrót dla jednoniciowego DNA (ssDNA, oligonukleotydów),
- liczbę μg do pmol zakończeń liniowego DNA,
- stosunek ilości insertu do wektora dla reakcji ligacji,
- stężenie kwasów nukleinowych na podstawie gęstości optycznej przy długości fali 260nm,
- stężenie i ilość białek na podstawie liczby kilodaltonów (kDa),\
- rozcieńczenie i molarność roztworów,
- konwersje związane z temperaturami,
- temperaturę topnienia oligonukleotydów (Tm).
POWRÓT
 

3. BLAST - narzędzie dostępne w bazie NCBI: BLAST

 
Narzędzie to ułatwi nam różnego rodzaju porównywanie sekwencji nukleotydowych i białkowych:
- nucleotide blast - porównanie sekwencji nukleotydowej z danymi dostępnymi w bazie;
- protein blast - porównanie sekwencji aminokwasowej z danymi dostępnymi w bazie;
- liczbę μg do pmol i na odwrót dla dwuniciowego DNA (dsDNA),
- liczbę μg/ml do pmol/μl i na odwrót dla jednoniciowego DNA (ssDNA, oligonukleotydów),
- liczbę μg do pmol zakończeń liniowego DNA,
- stosunek ilości insertu do wektora dla reakcji ligacji,
- stężenie kwasów nukleinowych na podstawie gęstości optycznej przy długości fali 260nm,
- stężenie i ilość białek na podstawie liczby kilodaltonów (kDa),\
- rozcieńczenie i molarność roztworów,
- konwersje związane z temperaturami,
- temperaturę topnienia oligonukleotydów (Tm).
POWRÓT

NCBI Blast - porównywanie dwóch sekwencji
Primer 3 - szukanie i analiza primerów
OligoAnalyzer - analiza oligonukleotydów
Reverse Complement - lustrzana sekwencja nukleotydów
Webcutter - analiza restrykcyjna sekwencji DNA
Searchgenes - prosta wyszukiwarka nazw i właściwości genów
BLAST 2 Sequences - porównywanie dwóch sekwencji aminokwasowych lub nukleotydowych
siRNA Finder - opracowywanie i analiza sekwencji siRNA
Expasy - system analizy proteomicznej
iHOP - wyszukiwarka informacji na temat białek
Pathway Builder - narzędzie do wizualizacji szlaków
Biocarta Pathways - zbiór szlaków metabolicznych i sygnałowych
qPCR Analysis Tool - narzędzie analizy oligonukleotydów do Real Time-PCR

POWRÓT

———————————

POWRÓT

home_icon_biotechnolog_net.gif